Pendirian Madrasah ini diprakarsai oleh Bapak Kyai H. Syamsudin, Bapak Kyai H. Dzhakiri, dan Bapak Kyai H. Muh Ja'farin Ahmad dan atas persetujuan beberapa tokoh masyarakat, bekerja sama dengan MWC NU Kecamatan Susuka sepakat untuk mendirikan lembaga pendidikan resmi dengan nama Madrasah Tsanawiyah Nahdlatul Ulama' tepatnya pada tahun 1965. Dan berubah-ubah nama sesuai perkembangan masyarakat dan suhu politik saat itu. Dari MTs NU menjadi MTs Al- Islam dan dinegerikan pada tahun 1980 dengan SK. Menteri Agama nomor : 27/1980 tanggal 21 Mei 1980 dengan nama Madrasah Tsanawiyah Negeri Susukan Kabupaten Semarang (Relokasi dari MTs Negeri Grabag 02 Magelang secara resmi) terhitung mulai tanggal 1 September 1981.Kepala Madrasah yang pertama Drs. H. Qowa'id terhitung mulai dari masih swasta sampai dengan 12 April 1996, yaitu : Kepala Madrasah kedua Drs. Sujitno dari 12 April 1996 sampai dengan 5 April 1999.Kepala Madrasah ketiga Drs. Sarbani dari 5 April 1999 sampai dengan 3 Juni 2002.Kepala Madrasah keempat Drs. H. Istichsan dari 3 Juni 2002 sampai dengan 22 Maret 2007.Kepala Madrasah kelima Drs. H. Mudlofir, MM. dari 22 Maret 2007 sampai dengan 2 Januari 2016, sedangkan kepala sekolah terbaru saat ini yang ke enam Hj. Hidayatun, S.Ag, M.Pd dari 11 januari 2016 sampai saat ini.